Qigong es un arte milenario no se sabe cuándo se originó. A la era de antes de que existan notas escritas la llamamos la era prehistórica del Qigong. Los primeros datos escritos sobre la medicina china se encontraron 2700 a.C. Mil años después, en la época de la dinastía Shang (siglo XVI-XI a.C.) se encontraron gráficas sobre vasijas de bronce exponiendo un Qigong de nivel elevado. Inicialmente, parecían danzas meditativas que favorecen el equilibrio energético, imitando movimientos de los animales (por ejemplo, simulando la característica de la longevidad de la tortuga, el equilibrio de la grulla y la agilidad del mono); esta es la llamada era de estilos simples que finalizó en la dinastía Qin (1912 d.C.)
Durante la dinastía Zhuo (1027-256 a.C.), en 1122 a.C., surgió el libro I Ging (libro de las mutaciones), posiblemente el primer libro refiriéndose al Qi, Ying y Yang y la influencia de los cinco elementos sobre el destino humano. Luego, en el siglo VI a.C., nació la gran obra, el Tao Te Ching, de Lao Tsu; aún la base filosófica del Qigong y Tai Chi que insinúa la importancia del movimiento suave y la relajación, y especifica la espiritualidad en práctica. En la misma dinastía también se manifestó el gran manual Nei Jing, libro clásico de la medicina china, un gran clásico del conocimiento de la medicina china que aún hoy en día sigue siendo punto de referencia en el estudio de la medicina china.
La dinastía Han (206 a.C.506 d.C.) se recuerda como la época gloriosa y de paz debido a sus emperadores de gran inteligencia y sabiduría, periodo de la introducción al budismo hindú. Cuando el emperador Han se convirtió en un budista sincero, esta línea religiosa se hizo popular en todo el país. Así, las prácticas hindúes y tibetanas de meditación y yoga comenzaron a integrase en la cultura china y nacieron los monasterios budistas que integran diversas técnicas de meditación, Qigong y yoga. Nació el Qigong espiritual, técnicas que solo podían conocer aquellos que eran aprobados en los monasterios remotos.
Durante la dinastía Liang (502-1911 d.C.), un gran monje budista, Da Mo, príncipe hindú, después de haber sido invitado por el emperador y luego rechazado, se refugió en un templo shaolin. Al descubrir que todos los monjes se encontraban de muy mala salud, se refugió por nueve años en busca de la solución a estos impedimentos y terminó escribiendo varios libros clásicos sobre el Qigong para la salud (que muestran, entre otras, técnicas de limpieza de médula y tendones) con lo que enseñó cómo restaurar la salud y apoderarse de las propias fuerzas físicas y espirituales. Estas prácticas fueron integradas después a las artes marciales, lo cual mejoró sus propias técnicas de combate.
Fuera de los monasterios, Chao Yuang Fang publicó un manual en el que describe 260 métodos diferentes para incrementar el flujo Chi y los relaciona con diferentes orígenes y síntomas de enfermedades, lo que constituye una real enciclopedia del Qigong. También surgieron ejemplares con técnicas que describen cómo dirigir el Chi y los seis sonidos que regulan la energía en los órganos.
En la dinastía Song (960 d.C.1279 d.C.), época del nacimiento del Tai Chi huan (boxeo de la sombra), florecieron varios estilos de la práctica del Qigong médico. En los textos de acupuntura comenzó a aparecer la precisión de aplicación.
Surgió la famosa serie Ba Duan Jin (las ocho piezas del brocado de seda), introducida por el general Yue Fei para sus soldados, con la intención de mejorar su salud, su vigor y sus capacidades marciales. El resultado se reflejó en que finalmente lograron expulsar a los bárbaros del norte de los territorios invadidos.
La era del Qigong de primavera y otoño hizo parte de la dinastía Qing y terminó en 1911; también la llamaban la era de oro del Qigong y abrió camino a miles de escuelas y maestros de este arte tan valioso. El Qigong fue adaptado a las artes marciales y así nació el Qigong de artes marciales.
La acupuntura entró a su época esplendorosa: incluía técnicas muy poderosas Qigong para fomentar la salud; el Qigong espiritual y religioso se mantenía inasequible.
Después de 1911, al fundar la república de China, grandes maestros de estas artes fueron perseguidos. Muchos de ellos se retiraron al extranjero y el Qigong comenzó a difundirse en otros países. El comunismo, que al principio condenaba todo lo místico-religioso, hizo que más tarde el Qigong volviese a resucitar a nivel científico. El Estado, al notar los grandes beneficios en el área física (salud y deportes) y los mínimos gastos requeridos, abrió las puertas a la masificación de la práctica. Hoy en día, en China, si uno visita los parques a las 5 de la mañana, puede observar diversas agrupaciones de personas practicando el Qigong o Tai Chi.